Raz na kilka lub nawet kilkanaście lat zdejmowana jest duża kamienna płyta znajdująca się przed kaplicą Matki Bożej w leżajskim Sanktuarium. Pod nią znajdują się schody i korytarz do krypty, która jest doświetlona dużym otworem okiennym w południowej elewacji kościoła.
Wszelkie podziemia, zwłaszcza te służące jako miejsce pochówku, są niezwykle intrygujące, a zejście do krypty, w towarzystwie refleksji, iż może lepiej nie naruszać spokoju tu spoczywających jest zawsze dużym przeżyciem i, dodajmy, swoistą podróżą w czasie…
Zwyczaj grzebania wiernych w murach kościołów i klasztorów pojawił się wraz z ogłoszeniem wolności wyznania dla chrześcijan i rozpoczęciem budowy świątyń. Jednak z czasem, ze względu na brak miejsca, w podziemiach świątyń składano doczesne szczątki jedynie duchownych, dobrodziejów kościoła i osób szczególnie zasłużonych.
Pierwotnie dobrodziejów kościoła i klasztoru grzebano w krypcie w kościele OO Bernardynów. Do jej wnętrza prowadzi korytarz sklepiony odcinkowo, a sama krypta przykryta jest kolebką z lunetą. W jej we wnętrzu znajduje się 6 trumien osób dorosłych i 16 dziecięcych, wśród których są dwa najstarsze pochówki podchodzące z 1777 r. Jest też trumna z herbem Pilawa Potockich. Jedyną podpisaną z imienia i nazwiska jest trumna Jan Grabińskiego zmarłego w 1808 r. Tablica upamiętniająca ową postać znajduje się przy wejściu do kościoła.
Po I rozbiorze Polski władze austriackie zabroniły pochówku zmarłych w kryptach kościelnych przede wszystkim ze względów sanitarnych. Z braku miejsca utworzono później cmentarz grzebalny za murami klasztoru. Miało to miejsce w połowie XIX wieku. Cmentarz istnieje do dziś, a znajduje się w lesie przyklasztornym. Uwagę zwraca jednolitość i uszeregowanie nagrobków zakonników.
