13 września 1939 r. miasto zajęła niemiecka 7. Dywizja Piechoty. Pięć dni później Niemcy spalili żywcem w synagodze ok. 200 miejscowych Żydów. Kolejnych rozstrzelano na cmentarzu żydowskim — w sumie zginęło ok. 400 osób. Pozostałych przepędzono w październiku 1939 r. przez San na sowiecką stronę. Podczas okupacji niemieckiej w mieście działała silna placówka Armii Krajowej podlegająca Komendzie Obwodu w Rzeszowie.
Wiosną 1945 r. na Dynów napadł oddział w mundurach Ukraińskiej Powstańczej Armii. Do obrony stanęli żołnierze Armii Krajowej i milicja. Z Rzeszowa przybyło na pomoc Wojsko Polskie. Po całonocnej walce otoczeni napastnicy wywiesili białą płachtę. Podczas pertraktacji wyszło na jaw, że są to funkcjonariusze sowieckiego NKWD, dla prowokacji udający Ukraińców. Po obu stronach byli zabici i ranni. W kilka dni później NKWD przeprowadziło w Dynowie i okolicznych wsiach aresztowania Polaków podejrzanych o przynależność do Armii Krajowej. Kilkadziesiąt osób trafiło na Syberię.
